地理信息科学与工程研究所、地理信息科学系下设一个本科专业（地理信息科学）、两个硕士点（地图学与地理信息系统、遥感技术与应用）。地理信息科学系成立于2000年，2010年成立地理信息科学与工程研究所，目前该系所拥有教师21名，其中博导4名，教授4名，副教授13名，讲师4名。86%拥有博士学位，100%拥有硕士学位，大多具有国外留学或工作的经历。

       地理信息科学专业的原名为地理信息系统，是2000年设立的教育部本科专业，2012年更名，每年招收本科生2个班。该专业强调地理信息科学基本理论，使得学生具备地理信息系统与遥感应用研究、系统设计与开发以及分析应用能力，致力于形成水利特色显著、辐射与引领全国水利行业的品牌专业。   

       地图学与地理信息系统为地理学的二级学科，于2003年被批准为硕士授予点，2012年又增设了“遥感技术与应用”二级学科，每年招生15人。主要研究方向：地理信息系统设计与开发；地理空间智能与流域科学；空间分析与建模；水旱灾害遥感；生态环境遥感。

       地理信息科学与工程研究所的发展近年来进入快车道，在GIS与专业模型集成、数字流域、时空大数据分析，水旱灾害遥感，生态环境遥感等方向取得很大进展。近几年，主持了两项国家重点研发项目课题、十余项国家自然科学基金项目，同时参与了多项国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金国际合作项目等国家重点项目，近年来荣获省、部级教学和科研奖10余项，包括教育部自然科学奖一等奖和二等奖各一项，全国高校GIS教学成果奖一等奖。在SCI、EI、核心刊物上发表论文300余篇，出版教材、专著等10多部，专利20余项，部分研究成果在全国处于领先地位。